Il laboratorio di Microbiologia e Virologia esegue esami microbiologici convenzionali (in batteriologia, virologia, micologia e parassitologia) ed una serie molto vasta di accertamenti diagnostici molecolari. Il laboratorio è dotato di stanze a livello di protezione 2 e a livello di protezione 3 per poter lavorare con patogeni ad elevata infettività.

Una sezione del laboratorio ha una elevata attività diagnostica nel settore dei micobatteri. 

Il laboratorio di batteriologia esegue la coltura e la valutazione della farmacoresistenza di H. pilori da biopsia gastrica. Tra i saggi molecolari, in virologia, sono eseguiti accertamenti per la diagnosi d’infezione da tutti i virus erpetici umani, da retrovirus umani, da tutti i virus respiratori dell’uomo, da virus epatitici e da altri virus associati a patologie diverse (Parvovirus B19, virus BK e JC, papillomavirus).

Il laboratorio esegue inoltre tipizzazioni molecolari, la maggior parte delle quali mediante sequenziamento genico e successiva analisi delle sequenze. Sempre il laboratorio di virologia esegue saggi di valutazione delle farmacoresistenze per HIV, HBV, CMV.

Tra i test molecolari batteriologici, il laboratorio esegue la ricerca di DNA di M. tuberculosis, di B. burgdorferi, di C. trachomatis, di C. pneumoniae, di M. pneumoniae e di L. pneumophila . Tra i test micologici il laboratorio esegue la ricerca di Aspergillus spp., Candida spp., Fusarium spp. ed altri;

il laboratorio inoltre esegue la tipizzazione dei miceti mediante sequenziamento. Infine il laboratorio di Microbiologia e Virologia ha sviluppato diverse attività d’interazione su problematiche microbiologiche con sanitari relativamente a (1) infezioni dell’ospite immunocompromesso (specie relative alle problematiche di soggetti trapiantati), (2) infezione da HIV-1 e monitoraggio della terapia anti-retrovirale (con esecuzione di un pannello ampio di genotipizzazioni (riguardanti anche il gene env di HIV e il gene della integrasi virale), (3) infezione da HCV, infezioni da papillomavirus umani.